যেকোনো সংগঠন প্রতিষ্ঠার পেছনে কিছু লক্ষ্য বা উদ্দেশ্য থাকে। ঠিক তেমনি মুসলিম লীগ প্রতিষ্ঠার পেছনেও কিছু লক্ষ্য বা উদ্দেশ্য ছিল। ১৯০৬ সালের ৩০ ডিসেম্বর মুসলিম লীগের প্রতিষ্ঠাকালে এ সংগঠনের তিনটি উদ্দেশ্যের কথা ঘোষণা করা হয়। এগুলো হলো-

১. ব্রিটিশ সরকারের প্রতি ভারতের মুসলমান জনগণের আনুগত্য বৃদ্ধি করা এবং ব্রিটিশ সরকার কর্তৃক গৃহীত কোনো ব্যবস্থা সম্পর্কে তাদের কোনো ভুল ধারণার সৃষ্টি হলে তা দূর করা।

২. ভারতীয় মুসলমান জনগণের রাজনৈতিক অধিকার ও স্বার্থ সংরক্ষণ, উন্নতি সাধন এবং তাদের প্রয়োজন ও আশা-আকাঙ্ক্ষার কথা বিনয়ের সাথে ব্রিটিশ সরকারকে অবহিত করা।

৩. মুসলিম লীগের উপর্যুক্ত উদ্দেশ্য দুটি অব্যাহত রাখার পাশাপাশি ভারতীয় অন্যান্য সম্প্রদায়ের প্রতি মুসলমান জনগণের মধ্যে যেন বিদ্বেষ ভাব সঞ্চার না হয় তার ব্যবস্থা করা।

পরবর্তীতে ১৯০৭ সালে মুসলিম লীগের করাচি অধিবেশনে আরও কয়েকটি বিষয় মুসলিম লীগের লক্ষ্য হিসেবে সংযোজন করা হয়। এগুলো হলো নিম্নরূপ:

(ক) মুসলমানদের জন্য পৃথক নির্বাচনের ব্যবস্থা করা।

(খ) ভারতের মুসলিমদের সরকারি কাজে ন্যায্য অধিকার প্রদান করা।

(গ) প্রাদেশিক হাইকোর্ট ও চীফ কোর্টে মুসলিম বিচারপতি নিয়োগ করা।

(ঘ) বিশ্ববিদ্যালয়সহ বিভিন্ন শিক্ষা বিষয়ক কমিটিতে মুসলমান প্রতিনিধি নিয়োগের ব্যবস্থা করা।

পূর্ণ সমর্থন করেন। তারা ব্রিটিশদের প্রতি আনুগত্য মুসলিম লীগের প্রতিষ্ঠাতাগণ ব্রিটিশ সাম্রাজ্যের নিরাপত্তা ও স্থায়িত্বের প্রশ্নে পূর্ণ স বজায় রেখেই মুসলমানদের স্বার্থ রক্ষায় সচেষ্ট ছিলেন