নবাব মীর কাশিমের সাথে বোঝাপড়ার জন্য গভর্নর ভেনসিকার পাটনার সেনাধ্যক্ষ মেজর এলিসকে পাটনা আক্রমণের নির্দেশ দেন। নবাব তাকে প্রতিহত করে এবং দূত এমিয়টকে হত্যা করে। এমিয়ট হত্যার অজুহাতে কোম্পানি নবাবের বিরুদ্ধে যুদ্ধ ঘোষণা করে (১৭৬৩)। ইংরেজরা মনে করেন যে, মীরজাফরের মতো এরূপ অনুগত নবাব পাওয়া যাবে না। সে কারণে ইংরেজ প্রধানরা সিদ্ধান্ত নিলেন মীর কাশিমকে সরিয়ে পুনরায় মীরজাফরকে মুর্শিদাবাদের মসনদে বসাবেন। সে মতে ১৭৬৩ খ্রিষ্টাব্দের ১০ জুলাই পুনরায় ইংরেজদের সাথে মীরজাফরের সন্ধি হয়। সন্ধি মোতাবেক মীরজাফরকে বাংলার মসনদে অধিষ্ঠিত করা হবে, বিনিময়ে মীরজাফর ইংরেজদের সকল বাণিজ্য সুবিধা দেবে। অতঃপর ইংরেজ ও মীরজাফরের মিলিত সৈন্যদল মীর কাশিমকে কাটোয়া, মুর্শিদাবাদ, গিরিয়া, সোতি ও উদয়নালার যুদ্ধে পরাজিত করলে মীর কাশিম বাংলা থেকে পিছু হটে বিহারে চলে যায়। নবাব মীর কাশিম উপায়হীন হয়ে নবাব সুজাউদ্দৌলা ও সম্রাট দ্বিতীয় শাহ আলমের সাহায্য প্রার্থনা করেন। তাদের যৌথবাহিনী বিহারের দিকে অগ্রসর হয়। ইংরেজ সেনাপতি হেক্টর মনরো ২৩ অক্টোবর ১৭৬৪ খ্রিষ্টাব্দে বক্সারের প্রান্তে যৌথবাহিনীর পথ রোধ করলে উভয়পক্ষে প্রচণ্ড যুদ্ধ সংঘটিত হয়। যুদ্ধে যৌথবাহিনী পরাজিত হয়। মীর কাশিম যুদ্ধ ক্ষেত্র থেকে পলায়ন করেন এবং বহু বছর অজ্ঞাত থাকার পর ১৭৭৭ খ্রিষ্টাব্দে দিল্লিতে মৃত্যুবরণ করেন। নবাব সুজাউদ্দৌলা এবং শাহ আলম ইংরেজদের সন্ধি ভিক্ষা করেন। এভাবে বক্সারের প্রান্তে দ্বিতীয় বার এবং চূড়ান্তভাবে বাংলার ভাগ্য বিপর্যয় ঘটে।