অধিকার বঞ্চিত ও হতাশাগ্রস্ত মুসলিম সমাজে আলীগড় আন্দোলনের সুদূরপ্রসারী প্রভাব পরিলক্ষিত হয়। আলীগড় আন্দোলন মুসলিম জাতীয়তাবাদের উন্মেষ ঘটিয়ে স্বাধিকার সংগ্রামে মুসলমানদের অনুপ্রাণিত করে। মুসলমানদের পৃথক ও একক স্বাধীন সত্তা লাভের পটভূমি রচনা করেছিল আলীগড় আন্দোলন। আলীগড় আন্দোলনের মাধ্যমে উদারপন্থী রাজনৈতিক নেতা স্যার সৈয়দ আহমদ খান কতিপয় যে বাস্তবমুখী ও সুদূরপ্রসারী পদক্ষেপ গ্রহণ করেছিলেন তাতে ইংরেজ ও মুসলমানদের অনেক ভুল বুঝাবুঝির অবসান ঘটে এবং ইংরেজ ও মুসলমানদের মধ্যে সুসম্পর্ক গড়ে ওঠে। মুসলমানদের মধ্যে পাশ্চাত্য শিক্ষা গ্রহণের আগ্রহ সৃষ্টি হয়। পরবর্তী সময় বিভিন্ন ক্ষেত্রে মুসলমানদের মধ্যে যে রাজনৈতিক ও সামাজিক সচেতনতা সৃষ্টি হয়েছিল সেক্ষেত্রে আলীগড় আন্দোলনের প্রভাব অপরিসীম।

আলীগড় আন্দোলনের অনুকরণেই এ সময় আরও কতিপয় মনীষী মুসলিম সমাজে নবজাগরণের সৃষ্টি করেন। এদের মধ্যে নওয়াব আবদুল লতিফ এবং সৈয়দ আমীর আলী অন্যতম।