মুসা খানের সাথে মুঘল সৈন্যদের প্রথম যুদ্ধ হয় ১৬০৯ খ্রিষ্টাব্দে করতোয়া নদীর পূর্বতীরে যাত্রাপুরে। এখানে মুসা খানের দুর্গ ছিল। প্রথমদিকে মুঘল সৈন্যরা ক্ষতির সম্মুখীন হলেও শেষপর্যন্ত ইসলাম খানের তীব্র আক্রমণের মুখে মুসা খান ও তার মিত্র জমিদারগণ পিছু হটতে বাধ্য হন। এরপর মুসা খানের নেতৃত্বে জমিদারদের নৌবহর শীতলক্ষ্যা নদীতে একত্রিত হয়। ইসলাম খান ও শীতলক্ষ্যার পশ্চিম তীরের বিভিন্ন স্থানে সৈন্য ও নৌবহর প্রেরণ করেন। ১৬১১ সালে ইসলাম খানের নেতৃত্বে মুঘল সৈন্যদের তীব্র আক্রমণের মুখে তাদের প্রতিরোধ ভেঙে পড়ে। মুসা খান পিছু হটে সোনারগাঁওয়ে চলে আসলে শেষপর্যন্ত আত্মসমর্পণ করতে বাধ্য হন।